Unter den Karolingern kam es zu einem Erstarken des Frankenreichs,

St. Korbinian legte die Grundlagen für das spätere Bistum Freising, St. Kilian wurde zum Missionar des fränkischen Gebiets im Norden. Bonifatius gründete 742 das Bistum Würzburg, das im 7. Jahrhundert zum thüringisch-fränkischen Herzogtum der Hedene gehörte. Im Gebiet westlich des Lechs wurde Augsburg zum Bischofssitz. In Passau fand Bonifatius bereits einen Bischof vor. Der Heilige Rupert von Salzburg begründete 696 das spätere Erzbistum Salzburg, nachdem er (vermutlich) den Herzog und seinen Hofstaat in der Hauptstadt Regensburg getauft hatte. Rupert wurde dadurch zum „Apostel der Baiern“. 798 schuf Papst Leo III. die bairische Kirchenprovinz, zu der die Bistümer Salzburg als Metropolitansitz, Regensburg, Passau, Freising und Säben (später Brixen) gehörten.
Tassilokelch (Reproduktion)

Unter den Karolingern kam es zu einem Erstarken des Frankenreichs, wodurch die weitgehende Eigenständigkeit der Stammesherzogtümer unter den Merowingern beendet wurde. 716 endete als erstes das Herzogtum der Hedene. Das Gebiet kam unter karolingische Herrschaft, wobei die Kirche mit dem Bistum Würzburg eine dominierende Stellung erhielt. Nach Niederschlagung eines letzten Aufstands bei Cannstatt 746 wurde auch das alemannische Gebiet endgültig in das Frankenreich eingegliedert.

Als letztes wurde 788 das baierische Stammesherzogtum zerschlagen. Der baierische Herzog Tassilo III. versuchte vergeblich die Eigenständigkeit durch ein Bündnis mit den Langobarden zu retten. Das kostbarste Denkmal des Herzog Tassilo ist der sogenannte Tassilokelch. Die stolze Inschrift lautet: Tassilo dux fortis - Liutpirc virga regalis. Der in Salzburg gearbeitete