Nachdem der ottonische bayerische Herzog 1002 als Heinrich II. römisch

Nach dem Sieg in der Schlacht auf dem Lechfeld 955 erfolgte eine zweite Welle baierischer Ostsiedlung mit Gewinn von Gebieten im heutigen Niederösterreich, Istrien und der Krain. Obwohl seit 955 von einer ottonischen Nebenlinie regiert, gab es mit dem sächsischen Königsgeschlecht der Ottonen im 10. Jahrhundert Konflikte, die 976 mit dem Verlust von Kärnten und eines Großteils der neu gewonnenen Gebiete endeten, die als Teil eines neu geschaffenen Herzogtums Kärnten von Baiern abgetrennt wurden. Zusätzlich regierte das Geschlecht der Babenberger in der Marcha Orientalis (Ostarrichi) zunehmend unabhängiger.
Heinrich der Löwe

Nachdem der ottonische bayerische Herzog 1002 als Heinrich II. römisch-deutscher König geworden war und bis 1017 zeitweise das Herzogtum in Personalunion regiert hatte, folgte eine Periode, in der die bayerischen Herzöge von außen eingesetzt wurden und stark vom deutschen Königtum abhängig waren, die auch unter den Saliern fortdauerte. Zeitweise war als Herzog gar der Kaisersohn eingesetzt. In dieser Zeit erfolgte der Aufstieg von Adelsgeschlechtern, wie der Grafen von Bogen und der Grafen von Andechs, der Diepoldinger, Grafen von Sulzbach und der Wittelsbacher.

Erst mit der Einsetzung der Welfen ab 1070 als Herzöge durch Heinrich IV. kam es zu einem erneuten Erstarken der bayerischen Herzöge. Diese Epoche ist durch den Investiturstreit zwischen Kaiser und Papst geprägt. Dabei konnte der Welfenherrscher durch Parteinahme für den Papst seine Position festigen.